從分子結構看，過硫酸氫鉀分子與過氧乙酸極其相似，過氧鍵分別與硫原子、碳原子連接，但是過硫酸氫鉀是無機物，其消毒有效成分是單過硫酸根離子(SOH5-—)，其穩(wěn)定性要好于過氧乙酸。
從分子結構看，過硫酸氫鉀應該是中性鹽，其水溶液的酸性是由于復合鹽中硫酸氫鉀溶解產(chǎn)生氫離子造成的。但是過硫酸氫鉀在酸性條件下穩(wěn)定性要遠好于中性條件，在酸性條件下則會快速分解。其對微生物殺滅機理可以解釋為：一是氧化作用，過硫酸氫鉀在水溶液條件下，釋放出新生態(tài)氧，直接對微生物細胞壁蛋白進行氧化反應。二是釋放自由羥基，干擾微生物的酶系統(tǒng)，迅速導致微生物蛋白分子失去活性。
研究表明，過硫酸鉀在作用于小分子有機物時，例如較長鏈的醛、胺類有機物，促進反應發(fā)生的是自由羥基。但是復配的制劑中含有少量的氯化鈉，在水溶液中過過硫酸氫鉀能夠把氯離子氧化成氯氣從而產(chǎn)生低濃度的次氯酸，氧化和氯化同時發(fā)生，能起到良好的消毒作用。
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